पाण्याच्या लेखापरीक्षणामध्ये किती पाण्याचा अपव्यय झाला आणि त्यातून किती नुकसान झाले याचा आढावा घेण्यात येतो. या लेखापरीक्षणाचा प्रमुख हेतू म्हणजे येणार्या आणि जाणार्या पाण्याचा हिशोब ठेवणे हा आहे. वापर आणि पुरवठा यामध्ये अनेक कारणांमुळे तफावत निर्माण होते. पाण्याच्या लेखापरीक्षणामुळे महसूल निर्मार करून न देणारे पाणी कमी करता येते आणि त्यातून बचतीस मदत होते.
अनेकदा महानगरपालिकेचे उद्यान, बांधकाम, कारंजे, अग्निशामक इत्यादी अधिकृत कामांसाठी पाणी वापरले जाते. मात्र त्याचे बिल दिले जात नाही. पाण्याच्या अशा वापराला मोफत केलेला अधिकृत वापर असे संबोधले जाते. तर गळती, जलाशयामध्ये अतिरिक्त पाणी झाल्याने आणि बेकायदेशीर वापरामुळेही पाण्याचा अपव्यय होतो. पाण्याच्या लेखापरीक्षणादरम्यान नोंद करण्यात आलेले पाणी आणि जमा झालेला महसूल यातील तफावतीचा अभ्यास करण्यात येतो. यातून त्रुटींचा शोध घेतला जातो आणि त्याप्रमाणे दुरुस्ती करून पाण्याची नुकसान थांबविले जाते. यामुळे नागरिकांना अल्पदरात दर्जेदार सेवा मिळतात. मात्र एकूण नोंद पाणी आणि नागरिकांनी वापरलेले पाणी याबाबतची माहिती केवळ पाण्याचे मीटर बसविल्यानंतरच मिळणे शक्य आहे.
पाण्याचे परीक्षण वर्षातून एकदा केले जाते. त्यामुळे व्यवस्थापकांना प्राधान्यक्रम ठरविणे, देखरेखीमध्ये सुधारणा करणे, पुनर्वसन आणि सुधाररांची कामे करणे, पाण्याचा अपव्यय होणार्या नव्या जागा शोधणे आणि देखभालीसाठीची नवी ध्येये निश्चित करणे शक्य होते. नव्याने लेखापरीक्षण करण्यापेक्षा पूर्वीच्या परीक्षणामध्ये माहिती अद्ययावत करण्यासाठी कमी खर्च येतो.